Fondato nel 1545 è il più antico Orto Botanico Universitario del mondo. Fu istituito dal Senato della Repubblica Veneta per la coltivazione delle piante medicinali che allora costituivano la grande maggioranza dei "semplici", cioè di quei medicamenti che provenivano direttamente dalla natura. Per questo motivo i primi Orti Botanici si chiamarono "Giardini dei Semplici" (Hortus Simplicium). L'Orto facilitava gli studenti a riconoscere le vere piante dalle sofisticazioni. A causa dei molti furti notturni fu costruito un muro di cinta. L'Orto si arricchì sempre più di piante provenienti dai paesi dove la Repubblica di Venezia aveva possedimenti o scambi commerciali. Per questo Padova ha avuto un posto preminente nello studio di molte piante esotiche. Nel 1997 l'Orto è stato iscritto sulla lista del Patrimonio mondiale dell'UNESCO.