Secondo alcuni storici locali il borgo ha molto probabilmente avuto origine nell'epoca romana, dalla tribù dei Liguri Montani, che si sottomisero all'Impero romano dopo lunghe lotte nel territorio. Come altri paesi vicini venne sottoposto alla Marca Aleramica e successivamente a quella facente capo ad Arduino d'Ivrea. In seguito divenne possedimento, intorno al XII secolo, del conte di Badalucco (politicamente dipendente dai conti di Ventimiglia) ed iniziò a stringere alleanze con i paesi e borghi attigui, specialmente con quelli maggiormente vicini alla politica espansionistica della Repubblica di Genova, e ad acquistare nuove terre tra cui metà castrum di Castel Vittorio. La stretta vicinanza politica con Genova fece sì che in un atto del 4 marzo 1261, rogato poi l'8 novembre del 1267, si sancisse il passaggio di Triora come nuovo feudo della repubblica genovese. Il passaggio di proprietà giovò molto al paese e al borgo - soprattutto per le numerose concessioni offerte dal capoluogo genovese, tra cui la libera pena capitale - tanto da diventarne comune capofila della nuova podesteria comprendente i borghi - ora comuni a tutti gli effetti - di Molini di Triora, Montalto Ligure, Badalucco, Castel Vittorio, Ceriana e Baiardo. Dopo un periodo di pace dal XV al XVI secolo, dove si costruirono chiese e altre opere d'arte, la storia locale di Triora testimonia dei famosi processi di stregoneria compiuti dal 1587 al 1589. Alcune donne locali vennero accusate di essere le artefici delle continue pestilenze, piogge acide, uccisione di bestiame e addirittura di cannibalismo verso bambini in fasce. I documenti dei processi ed i verbali di interrogatorio sono attualmente conservati presso l'Archivio di Stato di Genova. Le condanne per presunte stregonerie causarono la morte al rogo di diverse fanciulle ed addirittura anche di un ragazzo. Ancora oggi il paese è noto per i suoi processi alle streghe (o presunte tali) che scatenarono successivamente uguali reazioni anche in altri borghi liguri e italiani.